Когда войска Союзников уже подступили к Москве, в головах высшего командования ЦК возникает хитрейший план – изменить ход истории с помощью машины времени. Необходимо было уничтожить профессора Эйнштейна, который изобрел главное оружие Союзников – хроносферу. Миссия увенчалась успехом. Однако изменение хода истории привело к тому, что в Восточной Азии появился новый неожиданный враг, враждебный как Советам, так и Союзникам – Империя Восходящего Солнца. Действие игры разворачивается в 2001 году.

Правда, в Red Alert 3 картинка куда более яркая, насыщенная, цветастая и вода здесь выглядит не в пример лучше, чем в Command & Conquer 3.